La déforestation avait fait passer le couvert végétal de 72% à 14% jusqu'en 1959; à partir de cette date, la tendance s'inverse pour se situer à 18,2% du territoire en 1992. Les efforts redoublent ces dernières années pour concilier développement économique et social avec protection de l'environnement. Des difficultés existent, avec le grand tourisme (Varadero par exemple) et l'industrie (l'exemple du nickel à Moa est criant). Les zones naturelles protégées de Cuba comptent désormais 263 aires (22% de la superficie de l'île) dont 80 sont de signification nationale. Ces espaces recèlent la plus grande variété d'espèces florales des Antilles (51% d'entre elles, soit plus de 6 000, sont uniques à l'île). La faune est aussi très diverse (8 000 espèces dont 300 d'oiseaux, 700 de poissons et crustacés); malgré les efforts des autorités (en 2006, Cuba fut le seul pays, selon WWF, à soutenir pleinement le développement durable), certaines sont menacées, et même plus de 40 espèces seraient en voie d'extinction.

Des réserves ont été déclarées « Réserves de la Biosphère » par l'UNESCO (en particulier Guahanacabibes qui fait partie du programe de soutien de ¡Hola Cuba!).

Dans la plupart des parcs nationaux, les visites s'effectuent uniquement avec guides pour limiter l'impact écologique. Un gros effort est aussi réalisé pour aider les populations locales à se maintenir, et à vivre en respect avec le milieu environnant (voir l'exemple de l'école de Duaba-Yunque).

El Nicho